C’est en 1987 que le Conseil Général de l’Isère décide d’acquérir l’ancien palais des évêques, occupé depuis 1907 par l’Université de Grenoble, en vue d’y installer un musée des artistes dauphinois et le Trésor de la cathédrale. À peine les travaux ont-ils commencé qu’un incendie détruit une partie du palais dans la nuit du 6 au 7 janvier 1989. Le chantier est arrêté.

Simultanément, en prévision de l’aménagement de la seconde ligne de tramway, des sondages archéologiques mis en œuvre sur le parvis de la cathédrale dévoilent des vestiges historiques divers,  puis les premières traces d’un baptistère du IV^e siècle. La découverte est d’une telle importance que les travaux du tram sont stoppés et le trajet de la ligne B légèrement déplacé au profit de la création d’une crypte archéologique permettant la découverte des vestiges.

Le nouveau projet d’aménagement de la place Notre-Dame est retenu en janvier 1990 après de longues discussions. Les travaux reprennent. 

En juin 1996, le projet des artistes dauphinois et le Trésor de la cathédrale sont abandonnés au profit de la mise en œuvre d’un musée consacré à l’histoire et au patrimoine de l’Isère.  Au terme de 10 ans de chantier et d’aléas, le Musée de l’Ancien Évêché est inauguré le 18 septembre 1998 et le baptistère de Grenoble le 5 février 1999.